GroupSession Ver2.4.0 の手動バックアップでは、「filekanri」 がバックアップされませんでしたが、Ver2.4.1 で修正されました。

Ver2.4.1 の変更内容概要は下記に掲載されています。
http://www.gs.sjts.co.jp/v2/seihin/history_2_4_1.html

GroupSession リストアは、GroupSession のバックアップファイルからのリストアを自動的に行うプログラムで、プログラムの流れは下記のようになっています。

バックアップファイルをアップロード
private tomcat 停止
sleep 10
private tomcat プロセスチェック
　　　private tomcat プロセスが停止していない場合は強制終了
　　　sleep 5
現在のデータを退避する前に前回の退避データを削除
現在 GroupSession で利用中のデータを退避
　　　退避するデータは 「db」 「file」「filekanri」
　　　退避したデータは、次回のリストアプログラムが実行されるまでは保存されています。
アップロードしたバックアップファイルを展開
展開されたディレクトリを、GroupSession の該当ディレクトリへ移動
一次ファイル・不要ファイルの削除
private tomcat 起動

利用方法は、下記 URL をご覧ください。
http://ssluser.com/information/services/setup-tools/groupsession-restore.html

現時点で、GroupSession の自動バックアップでは「ファイル管理」のデータもバックアップされますが、手動バックアップでは「ファイル管理」のデータはバックアップされませんので、手動でのバックアップを行う際にはご注意ください。

なお、Private GroupSession の自動バックアップは、アプリケーションのバックアップ機能ではなく、ディレクトリやファイルごとバックアップしていますので、「ファイル管理」のデータも、もちろんバックアップされます。