以下に記載してある内容は、法務局ならびに公的個人認証サービスに記載されてあるものを抜粋したものです。
なお、パソコンの環境によっては正常にインストールできないものや、インストールができても正常に動作しない場合もあります。

個人認証　利用者クライアントソフトのインストール
合同会社設立登記オンライン申請の場合だけでなく、住基カードの電子証明書を認証するために必要なソフトですので必ずインストールしてください。ソフトのダウンロードインストールは公的個人認証サービスのページに記載されています。
　http://www.jpki.go.jp/

合同会社設立登記オンライン申請　事前準備
法務局のページに情報が記載されていますが、その中で必要と思われるものを記載します。
法務局　商業法人オンライン登記申請について　http://www.moj.go.jp/MINJI/minji60.html

1. （ステップ１） 安全な通信を行うために必要な証明書(政府共用認証局自己署名証明書)の取得／登録 
2. （ステップ２） JREのインストール （Java6 Update 13）
   java のバージョンに制限があります。使用できるのは、Java6 Update 13 のみです。
3. （ステップ３） オンライン申請に必要なプログラム環境とインストーラのインストール

ステップ１からステップ３の情報は下記。
　 http://shinsei.moj.go.jp/usage/zyunbi.html

1. （ステップ４） 電子署名（デジタル署名）に必要な申請者の電子証明書の取得
   登記申請書作成支援ソフトウェアのインストール

ステップ４の情報は下記。
　http://shinsei.moj.go.jp/list/list_159.html

1. （ステップ５） ユーザ登録
   申請者ＩＤおよびパスワードの取得
2. （ステップ６） 操作ガイドのダウンロード

ステップ５・ステップ６の情報は下記。
　http://shinsei.moj.go.jp/usage/zyunbi_user.html

PDF 署名プラグインインストール
PDF ファイルに電子署名をしてオンライン申請を行う場合には必要です。ダウンロードする「PDF 署名プラグイン」そのものは無料ですが、adobe acrobat が事前にインストールされている必要があります。
adobe acrobat 5 6 7 8 9 の Standard、Pro に対応しているようです。
　http://shinsei.moj.go.jp/usage/zyunbi_PDF.html

定款などの提出書類サンプル
　http://www.moj.go.jp/ONLINE/COMMERCE/k11-1-15.pdf

オンライン申請システムへのログイン
オンライン利用可能時間：月曜日から金曜日（国民の祝日・休日、１２月２９日から１月３日の年末年始を除く。）の ８時３０分から２０時まで
　https://shinsei1.moj.go.jp/rcvpkg/default_moj.html

使いやすい国産グループウェア 「GroupSession」 搭載レンタルサービス
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また、パソコンの環境では、ICカードリーダライタでつまづいてしまった。
たしか e-Tax で利用したICカードリーダライトが正常に動作しなくなってしまったのだ。デバイスは正常、サービスも起動しているのだがエラーログからは原因がわからない。
OS の再インストールをして初期状態からドライバのインストールをしたが、それでも動かない。デバイスは正常、サービスも起動している。
仕方なく、別メーカの ICカードリーダライタを購入して同じパソコンで試したら、ちゃんと動く。
つまり同じパソコンの環境で動作するものとしないものがあるのだ。
（動作しない ICカードリーダライタはメーカへ問合せ中）

パソコンの環境も整い、オンライン申請をしようという段階にまでやっと到達したが、ここで、さらに新しい疑問が・・・
登録免許税はどこで安くなるのだろう。
もう一点は、オンライン申請時に書類（電子署名済み）の添付をするようになっているが、「添付しなくても持参なり郵送でも可能ですよ」と法務局から言われていたため、どの書類を添付して、どの書類を持参すればいいのかわからなくなってしまったのだ。

これらの疑問を解決するには、再度法務局に問い合わせるしか方法がなかった。
回答は以下のとおり。

1. 「オンライン申請でも印鑑登録申請や印鑑証明書などは持参または郵送が必須」
2. 「オンライン申請で書類を添付する場合には電子署名が必要、持参する場合には押印が必要」
3. 「オンライン申請時に必須なのは登記申請のみ」
4. 「オンライン申請で登記申請のみを行い、書類を持参あるいは郵送した場合の登録免許税も－5,000
5. 「オンライン申請画面での登録免許税には、55,000円を入力」
6. 「オンライン申請完了後に発行される申請番号を持参する書類に記載」

つまり、オンライン申請時に電子署名された定款などすべての書類を添付する必要はなく、押印をして持参または郵送すれば良いということがわかった。（オンライン申請時に持参する書類は明記する）

ということは、書類を持参する場合は高価な acrobat がなくてもオンライン申請はできる。
（オンライン申請時に書類を添付する場合には、acrobat＋電子署名が必要です。）

最低限必要な費用は、下記のようになった。

1. 住基カード（500円程度、無料の市区町村もある）
2. 住基カードに電子証明書を追加（500円）
3. IC カードリーダライタ：2,000円前後～
4. 登録免許税：55,000円
5. 実印・銀行印・角印　作成：5,400円～（オンラインショップ）

住基カード＋電子証明書、ICカードリーダライタを持っている場合は、登録免許税のみ。

昨日、添付書類はすべて持参することにして、合同会社設立登記申請をオンラインで行った。
登記申請完了後に、すぐに申請番号が発行された。（登録メールアドレスにも「到達確認表」が送られてきた。

６月１日（月）に、押印した添付書類を法務局へ持参し、登録免許税は収入印紙で納付しようと思っている。

ここまでの作業に約１週間ほど費やしたが、acrobat への対応２日、ICカードリーダライタの障害対応２日がなければ、実印作成、登録商号調査、住基カード作成・電子証明書追加、登録申請まで３日ほどでできたのではないだろうか。

なお、インターネットで情報を収集したときには、その他にも費用が必要というものが多かったが、自分一人（代理人や第３者への依頼なし）で合同会社のオンライン登記申請を行った場合にかかった費用は、上記記載のものだけでした。

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